Geología y Fisiografía
Según de la Cruz, 1976, Fisiográficamente el área se encuentra en la Plataforma de Yucatán, formada sobre capas horizontales de rocas sedimentarias de Cretácico Superior y del Eoceno.
Zona de Vida
Según el sistema de clasificación Holdridge. El Área de estudio, Petencito, está clasificado como una zona de Bosque húmedo Subtropical (cálido).
Hidrología
Petencito cuentas con diferentes recursos hídricos como lo son el lago Petén Itzá, que es la principal fuente de abastecimiento para las actividades que se realizan dentro, también existen en Petencito tres lagunas, laguna Yalnon, Yachul y La guitarra, cuerpos de agua que albergan diferentes especies de peces y además reptiles como la tortuga blanca (Dermatemis mawii), cocodrilo pantanero (Crocodylus moreletti) que se reprodujo en cautiverio y se liberaron en la misma.
Suelos
Según MARN-AMPI, Petencito corresponde a la serie de suelos Yaxhá; sus características son tipo de suelo poco profundo, con muy buen drenaje, desarrollados sobre rocas calcáreas suaves y blanquecinas (que tienen un aspecto de yeso calcinado).
Clima
Según Thornthwaite el clima predominantes es cálido húmedo sin una estación seca definida. . La temperatura máxima promedio alcanza los 33.2º C. y una mínima de 20.3º C. La temperatura promedio anual es de 25.32°C. La humedad relativa anual alcanza el 78%, siendo un área relativamente húmeda en la que llueve aproximadamente 180 días al año, teniendo 1,800 mm. de precipitación anual.